淮安市淮阴食品药品监督管理局于2001年11月16日正式挂牌成立，属于江苏省淮安药品监督管理局的派出机构，是主管淮安市淮阴区药品监督的行政执法机构，实行垂直管理。2005年7月28日，在原单位基础上挂牌成立淮安市淮阴食品药品监督管理局。淮安市淮阴食品药品监督管理局负责对食品、保健品、化妆品安全管理工作行使综合监督、组织协调和依法组织开展对重大事故的查处；对辖区内药品（包括中药材、中药饮片、中成药、化学原料药及其制剂、抗生素、生化药品、生物制品、诊断药品、医疗用毒性药品、麻醉药品、精神药品、放射性药品、药用辅料、医疗器械、卫生材料、医药包装材料等）的研制、生产、流通、使用进行行政监督和技术监督。
    一、贯彻执行有关食品、保健品、化妆品安全管理的方针政策、法律、法规和规章；按职责权限研究制定相关的实施办法、工作规划并监督实施。
    二、依法行使对食品、保健品、化妆品安全管理工作的综合监督职责，组织协调有关部门承担的食品、保健品、化妆品安全监督工作。
    三、依法组织开展对食品、保健品、化妆品重大安全事故的查处；根据同级人民政府授权，组织协调开展食品、保健品、化妆品安全的专项执法监督活动；组织协调和配合有关部门开展食品、保健品、化妆品安全重大事故应急救援工作。
    四、收集、上报食品、保健品、化妆品安全监管信息；综合协调其他有关食品、保健品、化妆品安全工作。
    五、监督实施国家和省有关药品监督管理的法律、法规和规章；依法对药品、医疗器械、药品包装材料生产、经营和使用单位进行日常检查。
    六、按规定监督抽查药品、医疗器械和药品包装材料的质量，依法查处违反药品监督管理的法律法规和规章地违法行为。
    七、监督实施药品分类管理；负责药品零售企业和药品零售连锁企业门店的初审；监管药品生产企业所设立的办事机构；会同有关部门监管中药材市场。
    八、负责食品、保健品、化妆品安全综合监督有关的法规培训和药品监督管理有关的法规培训。
    九、管理所属的药品检验检测机构。
    十、承办上级食品药品监督管理局和同级人民政府交办的其他相关事项。
    成立以来，全局紧紧围绕全省药品监督管理工作中心任务，坚持“以监督为中心，监、帮、促相结合”的工作方针，与时俱进，开拓创新，知难而进，扎实工作，为保证药品质量，保障人体用药安全，维护人民身体健康和用药的合法权益作出了积极的贡献。先后被省食品药品监管监局评为“正源行动”先进单位、“创省药监系统文明行业”先进单位；被市食品药品监管局评为“团结、开拓、廉洁、高效”好班子；被市委、市政府评为“淮安市文明单位”；2006、2007年被区委授予“先进基层党组织”，被区政府评为“打假工作先进单位”、“依法行政示范单位”、“放心消费先进集体”等荣誉称号。
    淮安市淮阴食品药品监督管理局内设四个职能科室，即办公室、食品综合监督科、药品综合监管科、药品稽查科，并加挂淮安市淮阴药品监督稽查大队牌子。局属事业单位1个，即淮安市淮阴药品检验所，与食药监局合署办公，现办公地点为淮安市淮阴区北京西路137号。